El ejemplar más antiguo aún preservado de un diseño tipo wiphala corresponde a una chuspa o bolsa para la coca correspondiente a la cultura Tiahuanaco (1580 a. C.-1187 d. C.). su uso del diseño wiphala se encuentra mezclado con varios otros que no es posible establecer su significado cosmogonía andina.

En el Museo de la Cultura Mundial Gotemburgo, Suecia, alberga un tejido tipo wiphala que data del siglo XI, de origen Tiahuanaco y es parte de una colección basada en la tumba de un curandero kallawaya.
En el Virreynato
El uso de la Wiphala como estandarte parece haberse originado durante el periodo colonial. Existen dos representaciones de ángeles hechas en el estilo de la escuela cusqueña.
La primera es un cuadro del siglo XVIII, titulado Gabriel Dei y localizado en la Iglesia de Calamarca, (La Paz-Bolivia), muestra al ángel Gabriel a modo de arcabucero portando una bandera de forma muy similar a las figuras de chuspas (bolsas) precolombinos; el cuadro es de posible autoría del Maestro de Calamarca.
La segunda representación es un cuadro denominado Entrada del arzobispo virrey Morcillo en Potosí, que es un óleo sobre lienzo de 1716 realizado por el cochabambino Melchor Pérez de Holguín. Es parte de la colección pictórica del Museo de América, ubicado en Madrid, España.
El origen del diseño de la bandera es incierto y se desconoce.
La palabra wiphala significa, en idioma aymara: objeto flexible, ondulante y cuadriculado, según el historiador boliviano Germán Choquehuanca publicado en el Periódico digital sobre investigación de Bolivia. Se desconoce la fecha exacta de su creación aunque la existencia de la Wiphala es antigua y pertenece a todos los pueblos indígenas del reino Inca.
Los estudios de Choquehuanca dicen que la bandera multicolor surgió «con un sentido pacífico, pero se convirtió en guerrera desde la llegada de los españoles». En el tiempo ancestral, la bandera indígena tenía «diferentes significados en el sentido agrícola, textil, festivo y como calendario».

La explicación del colorido de la enseña se remonta a la unión de dos arcoíris. El historiador rediseñó la bandera en 1979, sobre el modelo de una Wiphala plasmada en un kheru (vaso) expuesto en el museo Abad de Cusco de Perú, que tenía 14 cuadrados.
La Wiphala es una bandera cuadrangular de siete colores, usada desde la época Republicana de nuestro país originalmente por pueblos andinos.
En Perú, desde el 15 de julio de 2022 es reconocida como símbolo de los pueblos originarios quechuas, aymaras, uros y mestizos de la región Puno. La Whiphala fue utilizada como emblema de la gestión de Walter Aduviri Calizaya (2019-2020), como gobernador regional de Puno.
El 14 de agosto de 2019, la Wiphala fue izada en vez de la bandera del Perú, en la infraestructura del Gobierno Regional de Puno, el hecho coincidió cuando Aduviri fue sentenciado por a 6 años de prisión el caso «Aymarazo“, mientras que él se encontraba prófugo».VHMP
«Según los orígenes precolombinos, la Wiphala no debe ser ubicados como bandera sino como un diseño recurrente en la simbología prehispánica».
Hernan Gil

NOTA: Hernán Gil es artista plástico profesional y actualmente es profesor del curso de arte y cultura del Colegio San Francisco de Borja del distrito de Taraco, en la provincia de Huancané.